هذا القسم متخصص في أمراض الجهاز الهضمي ويقدم أعلى مستويات الخدمات الصحية لمختلف أمراض الجهاز الهضمي من الطفيفة إلى المستعصية ، وحالات أمراض الكبد المزمنة.
ويعمل بالقسم أفضل الاستشاريين المؤهلين وذوي الخبرة والكفاءة في أمراض الجهاز الهضمي والمناظير وذلك لتقديم أفضل الخدمات التشخيصية والعلاجية للمرضى باستخدام المناظير التشخيصية والعلاجية كما يستقبل القسم الحالات الطارئة من نزيف الجهاز الهضمي والأمراض الحادة الأخرى .
يقوم القسم بتشخيص وعلاج أمراض المعدة و مرض ارتجاع حامض المعدة للمريء والقرحة وأمراض القولون العصبي وأورام القولون الى جانب سرطان الجهاز الهضمي، و داء كرون والتهاب القولون التقرحي ، والتهاب الكبد ، وأمراض البنكرياس وأمراض سوء الإمتصاص وحساسية القمح .
ويعد قسم الجهاز الهضمي بالمستشفى من التخصصات الهامة مما يحتويه من أجهزة تشخيصية حديثة كمناظير الجهاز الهضمي العلوي والسفلي و مناظير القنوات المرارية والتى تعد تطوراً مذهلاً في مناظير الجهاز الهضمي .